programación de ventanas en linux, que no esten orientados a paginas web

Venus
07 de Abril del 2005
Holas, Soy nueva en Java y necesito su ayuda, quería consultarles como puedo hacer para que funcione un programa de ventanas (frame) en Linux.
Hice un programa de prueba en Eclipse sobre Windows, generé el jar y en DOS de mi pc funciona bien con la instruccion “java –jar programa.java” pero cuando quiero probar en Linux no me funciona. Se usa la misma instrucción?
En la máquina que esta con Linux instalamos la máquina virtual de java. Me falta instalar algo mas?
Saben donde puedo encontrar información de programación en Java que no este orientado a paginas web?
Les agradezco de antemano su colaboración