ejecutar javascript dinámicamente

Juan
24 de Marzo del 2004
Buenas
Necesito hacer algo parecido a lo siguiente:

<head>
<script>
html = "<script>alert('Hola')</script>"
document.all.prueba.innerHTML = html
</script>
</head>
<body>
<div id="prueba"></div>
</body>

lo que pasa es que el innerHTML no ejecuta el código javascript por lo que no aparece el alert con el mensaje "Hola".
He probado a hacerlo con document.write (html), pero ésto lo que me hace es borrar todo lo que hay en pantalla y ejecutarse, por lo que no me valdría.
¿alguién sabe alguna manera de hacer esto?

Gracias