Para aquellos que se encuentren en esas circunstancias, espero que los consejos que os voy a comentar, sacados de mi propia experiencia en el desarrollo web, os sean de utilidad.
Echa un vistazo preliminar
Aún no sabes cómo es el código, si es bueno o es malo, pero un vistazo preliminar a la estructura de directorios y a los nombres de los ficheros suele darte una idea aproximada de la funcionalidad que pueden tener.
Por muy malo que sea un programador, éste tiene su propia lógica para la nomenclatura, échale un rato a intentar adivinarla y así podrás localizar ficheros de forma más sencilla en futuras modificaciones.
No esperes un diseño MVC claro, quizás ni exista y esté todo mezclado. Tú tienes tu forma de programar, pero aunque para ti sea perfecta, ni quizás lo sea, ni todo el mundo la comparte.
No intentes entenderlo todo de golpe
Lo más seguro es que no debas cambiar toda la aplicación de golpe, por lo que de poco te va a servir empezar a estudiarla completamente y entender todo su significado. Ve por partes, si tienes que hacer un cambio en una parte céntrate en esa parte del código y olvídate del resto.
Cuando te hayas pegado con una parte del código no se te olvidará fácilmente, por lo que si en otra ocasión tienes que volver a tocar esa parte te será más sencillo.
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