problema de enlazado

antuan83
15 de Noviembre del 2008
Hola a todos!

Estoy intentando reemplazar una función, pagrid, en una aplicación llamada magpar. He de modificar el código de magpar en el fichero parteleser.c. He desarrollado mi código, pero soy incapaz de enlazarlo con las librerias de dicha funcion. magpar es compilado con mpicxx y pagrid en gcc.

He probado varias cosas. pagrid tiene en su estructura de datos principal unos atributos de tipo mem y heap que el compilador de mpicxx rechaza:

[email protected]:~/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/src$ make
/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpi/bin/mpicxx -o init/parteleser.o -c -Wall -Wwrite-strings -Wno-strict-aliasing -fPIC -DSUNDIALS_VERSION=230 -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/sundials-2.3.0/include -DMETIS -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/ParMetis-3.1/METISLib -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/src -Wunused -DTAO -DPNG -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/libpng-1.2.22 -DZLIB -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/zlib-1.2.3 -DEXCH -I. -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/petsc -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/petsc/bmake/PETSc-config-magpar -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/petsc/include -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpi/include -I. -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/src/include -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/src/binding/f90 -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/tao-1.9 -I/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/tao-1.9/include -D__SDIR__="" init/parteleser.c
init/parteleser.c:89:3: aviso: "/*" dentro de un comentario
In file included from init/parteleser.c:29:
/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib/pagrid_struct.h:24: error: ‘Mem’ no nombra a un tipo
/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib/pagrid_struct.h:91: error: ‘Mem’ no nombra a un tipo
/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib/pagrid_struct.h:166: error: ISO C++ prohíbe la declaración de ‘Heap’ sin tipo
/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib/pagrid_struct.h:166: error: expected ‘;’ before ‘*’ token
/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib/pagrid_struct.h:236: error: ISO C++ prohíbe la declaración de ‘Heap’ sin tipo
/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib/pagrid_struct.h:236: error: expected ‘;’ before ‘*’ token
/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib/pagrid_struct.h:237: error: ISO C++ prohíbe la declaración de ‘Heap’ sin tipo
/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib/pagrid_struct.h:237: error: expected ‘;’ before ‘*’ token

make: *** [init/parteleser.o] Error 1

Eso por un lado, por el otro, he probado a comentar dichos elementos y a seguir desarrollando y al intentar compilarlo se lo traga pero me da un error de enlazado con la libreria


[email protected]:~/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/src$ make
...

-L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/tao-1.9/lib/PETSc-config-magpar -ltaopetsc -ltao -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/tao-1.9/lib/PETSc-config-magpar -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/petsc/lib/PETSc-config-magpar -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/petsc/lib/PETSc-config-magpar -lpetscts -lpetscsnes -lpetscksp -lpetscdm -lpetscmat -lpetscvec -lpetsc -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/ParMetis-3.1 -lmetis -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib -lpagrid -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/sundials-2.3.0/lib -lsundials_cvode -lsundials_nvecparallel -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/libpng-1.2.22 -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/libpng-1.2.22/lib -lpng -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/zlib-1.2.3 -lz -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/atlas/lib -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/atlas/lib -llapack -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/atlas/lib -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/atlas/lib -lcblas -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/atlas/lib -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/atlas/lib -lf77blas -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/atlas/lib -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/atlas/lib -latlas -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -Wl,-rpath,/lib/../lib -L/lib/../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -ldl -lmpich -lpthread -lrt -lgcc_s -lmpichf90 -lgfortranbegin -lgfortran -lm -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1 -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../../../lib -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../../../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../.. -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../.. -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -Wl,-rpath,/lib/../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/../lib -lm -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -Wl,-rpath,/lib/../lib -L/lib/../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -ldl -lmpich -lpthread -lrt -lgcc_s -lmpichf90 -lgfortranbegin -lgfortran -lm -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1 -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../../../lib -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../../../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../.. -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../.. -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -Wl,-rpath,/lib/../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/../lib -lm -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -Wl,-rpath,/lib/../lib -L/lib/../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -ldl -lmpich -lpthread -lrt -lgcc_s -lmpichf90 -lgfortranbegin -lgfortran -lm -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1 -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../../../lib -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../../../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../.. -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.2.1/../../.. -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -Wl,-rpath,/lib/../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/../lib -lm -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -Wl,-rpath,/lib/../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/../lib -lmpichcxx -lstdc++ -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -Wl,-rpath,/lib/../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/../lib -lmpichcxx -lstdc++ -Wl,-rpath,/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -L/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/mpich2-1.0.6/lib -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3 -Wl,-rpath,/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -L/usr/lib/gcc/i486-linux-gnu/4.1.3/../../../../lib -Wl,-rpath,/lib/../lib -L/lib/../lib -Wl,-rpath,/usr/lib/../lib -L/usr/lib/../lib -ldl -lmpich -lpthread -lrt -lgcc_s -ldl
init/parteleser.o: In function `PagridPartition(GridData*, int)':
parteleser.c:(.text+0x271): undefined reference to `LIBG_Init()'
collect2: ld devolvió el estado de salida 1
make: [magpar.exe] Error 1 (no tiene efecto)


Es como si no viese a dicha función en la libreria, y esta
Por que es incompatible con mpicxx?

Gracias de antemano

antuan83
15 de Noviembre del 2008
[email protected]:/home/ubuntu/Escritorio/Proyecto/16-05-08/magpar-0_7/libs/pagridL/Lib# nm libpagrid.a

graph_func.o:
00000000 T LIBG_Allocate
000000f0 T LIBG_Free
00000130 T LIBG_Init
000001c0 T LIBG_Read
U MEM_Allocate
U MEM_Free
U MEM_Init
U U_Warning
00000004 C U_col
U U_error
U U_free
00000004 C U_line
00000004 C U_size
U U_smalloc
U __MEM_Need
U __MEM_Request
U exit
U feof
U fgets
U printf
U puts
U sscanf
U strlen
U strtol


donde 00000130 T LIBG_Init es la funcion que esta llamando desde parteleser de magpar